Une journée avec l’équipe de séquençage génomique de la COVID-19 au Kenya

À l’Institut kenyan de recherche médicale (KEMRI), le laboratoire de séquençage génomique de Kilifi, une ville située sur la côte de l’océan Indien au Kenya, une équipe de sept scientifiques analyse des échantillons pour surveiller les variants de la COVID-19 et détecter de potentiels variants préoccupants.
Le laboratoire fait partie d’un réseau de 12 autres laboratoires répartis partout en Afrique et disposant de programmes avancés de séquençage génomique. Ces laboratoires aident les pays voisins qui disposent de capacités limitées, voire d’aucune capacité, à mener ces analyses.

Avant la pandémie de COVID-19, le laboratoire du KEMRI produisait environ 300 séquences génomiques par an, uniquement dans le cadre de projets de recherches. Avec la pandémie, le laboratoire a élargi son champ d’action pour servir les besoins immédiats en santé publique. Le travail de séquençage a été accru pour soutenir le Kenya et cinq autres pays, ce qui a généré un besoin urgent en matériels et en personnel. L’équipe d’origine, composée de trois personnes, a en effet été rapidement dépassée.
Les heures de travail sont longues et aucune journée ne se ressemble. « Il nous faut trois jours pour établir la séquence d’un échantillon du virus de la COVID-19 », explique Eddidah Moraa, une assistante de recherche au laboratoire. « Nous devons ajuster les étapes du travail tous les jours pour la préparation des échantillons destinés à être séquencés. »

Au plus fort de la pandémie, 600 échantillons étaient analysés chaque jour.
« Oh ! C’était une période difficile, cette semaine-là », se souvient Khadija Said, chargée de recherche au sein de l’équipe de surveillance génomique. « Il y avait tellement de pression. »
L’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a fourni un soutien financier au laboratoire afin de recruter deux techniciens supplémentaires. L’Organisation a aussi aidé à l’acquisition de réactifs, nécessaires pour préparer les échantillons au séquençage. Au cours des deux dernières années, l’OMS a aussi appuyé l’obtention d’accords entre les pays et organisé la logistique au profit des laboratoires, en envoyant leurs échantillons au Kenya pour être analysés.

Le processus physique du séquençage des échantillons ne constitue que la moitié du travail. « L’une des étapes les plus importantes est de changer l’ARN en ADN pour que nos machines puissent lire l’échantillon. Nous devons aussi nous assurer qu’il y a assez de virus dans l’échantillon afin d’en tirer les informations génétiques que nous voulons », explique Kadijah Said.
L’équipe analyse les mutations dans le virus et détermine si ces changements sont préoccupants. Les scientifiques cherchent aussi des tendances pour comprendre où les variants circulent, quand et si les variants affectent des groupes de personnes en particulier.
Lorsque les séquences sont complètes, elles apparaissent sous forme d’un texte en vert sur l’écran d’un ordinateur. Ces séries de lettres sont indéchiffrables par les novices.
« Ce n’est qu’un simple fichier, c’est là que réside tout l’intérêt », explique Kadijah Said, en faisant défiler les lettres sur son écran.

La laboratoire a investi dans des machines de séquençage génomique supplémentaires, faisant ainsi passer sa capacité d’analyse de 24 séquences par semaine à 700. Par ailleurs, trois congélateurs sont désormais utilisés uniquement pour le stockage d’échantillons de COVID-19 provenant du Kenya et d’autres pays.
Depuis avril 2020, l’équipe a généré plus de 8000 séquences de génome, dont les deux-tiers proviennent du Kenya.
Pour le Dr George Githinji, chef de l’équipe de surveillance génomique au laboratoire, peu importe d’où viennent les échantillons. « Nous venons ici tous les jours et effectuons nos recherches, tout simplement », dit-il. « Certains jours, nous avons plus de travail que d’autres. »
Le Dr Githinji souligne que l’aspect important du séquençage est la cohérence. « C’est comme cela que nous savons quand le virus a changé de façon significative. »

Soutenir le Kenya et d’autres pays avec le séquençage ajoute du travail à l’emploi du temps déjà chargé des techniciens, mais ceux-ci ne rechignent pas.
Kadijah Said, par exemple, est ravie de jouer un rôle : « Il est satisfaisant de recevoir des échantillons d’ailleurs. Ils nous font confiance. »
Le Dr Githinji relève le rôle du laboratoire dans la formation des techniciens d’autres pays. Il se dit fier de la contribution de son équipe à « construire des capacités au service du monde ».

Alors que le soleil se couche à l’horizon, l’équipe reste au laboratoire, les yeux fixés sur leurs recherches. Ils ont encore plusieurs tâches à accomplir avant la fin de leur service de 12 heures.