Abuja – Plus la COVID-19 continue de se propager et plus élevées sont les chances que de nouveaux variants fassent leur apparition. En effet, depuis le début de la pandémie, quatre variants préoccupants ont été répertoriés, le variant Delta – identifié pour la première fois en Inde – étant en ce moment le plus transmissible et le variant dominant dans de nombreux pays. Au Nigéria, le Dr Chikwe Ihekweazu, Directeur général du Centre de contrôle des maladies du Nigéria (Nigeria Center for Disease Control), explique comment le pays riposte à la pandémie depuis l’apparition des variants plus infectieux.

Comment les variants de la COVID-19 ont-ils affecté la riposte à la pandémie au Nigéria ?

Le variant Delta est maintenant la souche dominante dans notre pays et a été détecté dans plus de 90 % des échantillons analysés. Lorsque le variant Delta a été répertorié au départ à l’échelle mondiale, le Nigéria a agi rapidement en prenant des mesures d’atténuation, particulièrement la mesure initiale consistant à introduire le placement en isolement obligatoire des voyageurs en provenance de pays où l’incidence des cas associés au variant est élevée. Nous avons également révisé notre stratégie de surveillance génomique pour séquencer les échantillons des voyageurs testés positifs à leur arrivée au Nigéria afin de répertorier rapidement les variants.

Au moment où le variant Delta commençait à se répandre dans le pays, la première mesure prise a été de communiquer rapidement sur la situation pour alerter le grand public. Nous avons intensifié notre communication sur les risques en utilisant les médias traditionnels et les réseaux sociaux. Une autre priorité était de renforcer la capacité à identifier les cas avec encore plus de célérité pour briser la chaîne de transmission. Nous travaillons actuellement avec d’autres institutions au Nigéria pour introduire l’utilisation des tests de diagnostic rapide dans des lieux publics tels que les écoles, les camps de service pour la jeunesse, les bureaux administratifs, entre autres. Bien entendu, nous avons aussi maintenu d’autres mesures visant à protéger les personnes les plus exposées, notamment l’appui à la lutte anti-infectieuse dans les établissements de santé et la formation des agents de santé.

Le Nigéria continue de renforcer la capacité de surveillance génomique afin de répertorier et de caractériser rapidement les variants émergents. Les données qui en découlent éclairent en outre nos politiques, telles que les tests de dépistage obligatoire des voyageurs internationaux. Nous menons par ailleurs des études sur l’efficacité des vaccins et contribuons à la compilation de données scientifiques mondiales. Nous continuerons à maintenir une approche solide de communication sur les risques afin de nous assurer que les Nigérians sont conscients des risques présentés par les variants et continuent à respecter les mesures barrières.

Comment le Nigéria intensifie-t-il le séquençage génomique ?

Le Nigéria a ajouté des séquences au répertoire mondial du génome du SARS-CoV-2 géré par la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (« initiative mondiale d’échange des données sur la grippe »). Plus que jamais, des échantillons sont envoyés pour séquençage, avec une augmentation hebdomadaire de 100 % du nombre d’échantillons séquencés. Ce travail est actuellement effectué par un réseau de cinq laboratoires coordonnés par le laboratoire national de référence du Centre de contrôle des maladies du Nigéria. De même, nous renforçons rapidement nos capacités de dépistage afin de répondre à ce besoin.

Le Centre de contrôle des maladies du Nigéria s’attache désormais à reproduire nos efforts fructueux pour renforcer les capacités du Nigéria en matière de dépistage moléculaire de la COVID-19 avec l’acquisition de capacités de séquençage génomique. Nous sommes en pourparlers avec nos partenaires comme l’Agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni pour tirer parti de leurs atouts dans le domaine de la génomique des agents pathogènes. Nous bénéficions en outre d’un appui du Centre africain de prévention et de contrôle des maladies qui coordonne les efforts continentaux visant à intensifier le séquençage génomique.

Ces efforts sont non seulement importants pour le séquençage des échantillons de SARS-CoV-2, mais aussi pour d’autres agents pathogènes endémiques au Nigéria, tels que les virus de la fièvre de Lassa et de la fièvre jaune.

En plus de l’amélioration de la surveillance génomique, comment le Nigéria peut-il améliorer son état de préparation aux flambées épidémiques ?

Au cours des cinq dernières années, le Centre de contrôle des maladies du Nigéria a travaillé avec ardeur pour renforcer la capacité du Nigéria à prévenir, détecter les flambées épidémiques de maladies infectieuses et à y riposter. Nous avons édifié des systèmes de coordination de la préparation et de la riposte aux flambées épidémiques par l’intermédiaire des centres d’opérations d’urgence aux niveaux national et infranational. Nous avons également établi un réseau de laboratoires de santé publique coordonné par le laboratoire national de référence du Centre de contrôle des maladies du Nigéria, numérisé notre système de surveillance des maladies infectieuses et créé de nouveaux programmes de lutte anti-infectieuse, de communication sur les risques, de gestion de la résistance aux antimicrobiens et plusieurs autres activités.

Cependant, beaucoup reste à faire. Il faut un engagement ferme de la part du gouvernement, couplé à un financement suffisant, stable et durable pour la sécurité sanitaire, et à la responsabilisation pour soutenir les activités menées.

Un meilleur état de préparation aux flambées nécessitera une étroite collaboration à la fois avec les pays africains et avec les pays d’autres Régions. Notre riposte à la pandémie de COVID-19 en est l’illustration parfaite. Nous sommes reconnaissants aux plateformes de collaboration créées par l’Organisation mondiale de la Santé, le Centre africain de contrôle et de prévention des maladies et d’autres partenaires pour permettre aux pays d’apprendre les uns des autres.

Pourquoi le séquençage génomique est-il limité dans de nombreux pays africains ?

Il existe clairement des inégalités dans la capacité de séquençage à travers le monde, et la nécessité d’accroître cette capacité dans les pays africains est très évidente. Depuis plusieurs décennies, l’accent est mis sur les capacités de séquençage génomique et les investissements consentis par les gouvernements et les partenaires africains sont insuffisants.

Cependant, la voie à suivre consiste à encourager plus de pays du continent à acquérir cette capacité et à leur en donner les moyens. Des preuves tirées de plusieurs modèles existent, notamment le recours à des laboratoires publics, privés et universitaires coordonnés par des instituts nationaux de santé publique.

Nous avons commencé à réaliser des progrès avec des institutions dans des pays comme l’Afrique du Sud, la Gambie et plusieurs autres qui affichent des progrès excellents. Le Centre africain de contrôle et de prévention des maladies a par ailleurs obtenu un financement pour la recherche et le développement en génomique des agents pathogènes par l’entremise de l’Initiative africaine de génomique des agents pathogènes qui viendra en appui aux pays. La pandémie a mis en évidence les disparités actuelles et les risques auxquels nous sommes confrontés si nous ne mettons pas en place des capacités de séquençage génomique dans les pays africains.